- Au niveau central, participer à la formulation des politiques nationales de santé,
- Aux niveaux intermédiaire et périphérique, apporter ses compétences pour la mise en place et la gestion des services de santé ;
- Au niveau des communautés : mobiliser les communautés rurales et urbaines en vue de leur participation plus accrue à l’amélioration de leur état santé.
Gestion de système de Santé Unique (One Health)
Le CSSI développe et capitalise les expériences en matière de la couverture sanitaire, de la prestation de soins de qualité et de la bonne gouvernance des formations sanitaires y compris la gestion des médicaments. Il doit recourir aux compétences techniques de la région pour valoriser son offre et combler le déficit du personnel technique qualifié dans les pays concernés.